Los birremes se ven mejores tanto por su valor defensivo como por su velocidad (factor muy importante). Como dice marcos, en proporción los birremes tienen mayor valor defensivo. Mira esto:
Un trirreme consume 16 de población y tiene 250 de valor defensivo. Pero un birreme cuesta solo 8 de población por lo que por cada trirremes podrás hacer dos birremes por lo que el valor total de los dos birremes sería 320. Lo mismo ocurre con las incendiarias.
Aunque los trirremes no son inútiles. Se les puede dar otros tipos de usos. Cuando yo jugaba tenía en casi todas un trirreme y un barco lento. Todo esto para poder jugar con los tiempos y las velocidades. Por ejemplo, tengo un ataque de incendiarias que me tarda 10hs pero para mandarlo ajustado tengo que hacerlo a las 3AM, pero luego veo que con un trirreme en el ataque el tiempo se estira a 15hs y entonces ya no tengo que esperar a esas horas y puedo mandarlo antes. Este es uno de los usos que puedes hacer, lo mismo pasa teniendo el bote lento, pero teniendo ya el trirreme y bote lento ya tienes 3 velocidades en tu ataque, por lo que tienes 3 tiempos diferentes. Con lo cual también nos lleva al otro uso, el ajustar! Al tener 3 tiempos diferentes tienes 3 posibilidades de cuadrar bien un ataque, o sea, si mandas el primero con un bote lento (es el que tarda más) y ves que salio mal cuadrado puedes cancelar y enviarlo más tarde con el trirreme, si ves que pasa lo mismo cancelas y lo mandas sin esos. Eso si, el hacer esto te demanda más tiempo pero suele ser muy útil. El tener varias opciones de velocidades y tiempos te hará más fácil todo, a veces se usa y a veces no pero cuando lo necesites agradecerás haber tenido el trirreme o el bote lento disponible. Mi configuración de ciudades navales era 290 incendiarias un bote lento y un trirreme y en las defensivas era 350 birremes, bote lento y trirreme. Igual no es que sea absolutamente necesario tenerlo, ya que con el bote lento obtienes dos velocidades, pero si quieres tener 3 pues lo usas. De hecho yo use más ataques con un trirreme que con un bote lento, porque ya se me pasaban.
Ahora lo de hacer ciudades full trirremes es hacer ciudades polivalentes, eso no era lo mío así que nunca lo recomendaba, son estilos de cada uno.