Sí puedes adorar a más de un dios, pero tienes que ser politeísta... X-D ;-)
Ahora en serio:
Efectivamente, en cada ciudad puedes elegir a un dios diferente, y lo puedes cambiar cuando quieras, pero perdiendo los puntos de favor acumulados y las unidades míticas que hayas creado en esa ciudad.
Es cierto que las unidades míticas sólo pueden apoyar ciudades de su misma deidad, pero esto no suele ser un problema para escoger diferentes dioses en nuestras ciudades, para aprovechar las ventajas de unos y de otros. Al estar en una alianza, siempre habrán diferentes ciudades con diferentes dioses, para apoyarse entre las que adoren a un mismo dios.